Zakład Endokrynologii powstał z Pracowni Endokrynologii i Hodowli Tkanek, która została założona w roku 1962 przez prof. dr hab. Stanisławę Stokłosową. Pracownia powstała w obrębie Zakładu Fizjologii Zwierząt Instytutu Zoologii UJ, kierowanego ówcześnie przez prof. dr hab. Adama Kulczyckiego, następnie prof. dr hab. Józefa Surowiaka i prof. dr hab. Zbigniewa Dąbrowskiego. W roku 2006 Zakład Fizjologii Zwierząt kierowany przez prof. dr hab. Mariana Lewandowskiego uzyskał status Katedry Fizjologii Zwierząt, a Pracownia Endokrynologii i Hodowli Tkanek została Zakładem Endokrynologii i Hodowli Tkanek. W roku 2011 nazwa Zakładu została skrócona i do dzisiaj funkcjonuje jako Zakład Endokrynologii.

Prof. dr hab. Stanisława Stokłosowa kierowała Pracownią nieprzerwanie przez 35 lat. Od roku 1997 do 2019 Pracownię, a obecnie Zakład, prowadziła prof. dr hab. Barbara Bilińska. W latach 2019-2022 kierownikiem Zakładu Endokrynologii była prof. dr hab. Maria Słomczyńska, a obecnie funkcję tę pełni prof. dr hab. Katarzyna Knapczyk-Stwora.